ジオン軍が独立を求めて連邦軍と対峙していたU.C.0079。
連邦軍の新造戦艦を追ってサイド7に辿り着いたシャアは、ザクをサイド7に偵察として送り込む。
そこで開発されていた新型MSを発見した1機のザクが、コロニー内で戦闘を仕掛ける。
この攻撃に巻き込まれたアムロだったが、避難の最中にガンダムと運命的な出会いをすることとなり、
同時にアムロとシャアの長きに渡る因縁の始まりともなった。

ジオン軍の偵察、攻撃からサイド7を脱出して以降、ホワイトベースは死闘の連続に見舞われていた。
その影響で、アムロはホワイトべ－スを脱走するまでに消耗した時期もあったが、
様々な人たちとの出会いや別れを経て、パイロットとしてだけでなく、人間的にも大きく成長していった。
執拗にホワイトベースを狙うシャアは、長い戦局の最中に一人の不思議な少女と出会い行動を共にしていた。
そして当然の如く、この不思議な少女とアムロの意思は交錯していくのであった──

連邦軍とジオン軍の戦いも佳境に入り、宇宙要塞ソロモンを攻略すべく攻撃を集中させる連邦軍の前に、巨大MAビグザムが立ちはだかる。
多大な犠牲を払いつつもこれに勝利した連邦軍は、ジオン軍の最終防衛拠点であるア・バオア・クーに進路をとる。
ア・バオア・クーに接近するホワイトベースに対し、シャアとララァは攻撃を開始。
そしてアムロとララァは、その高いニュータイプ能力によって共鳴しあい、戦うことの意義を感じあっていた──

ジオン軍は激しい抵抗を見せたものの、連邦軍の猛攻の前に宇宙要塞ア・バオア・クーは陥落した。
友軍に拾われ生き残れたことに安堵していたホワイトベースクルー達。アムロはMS教官として戦後の人生を歩んでいたが…
ア・バオア・クーを脱出したシャアは、サイド3に落ち延びたのち、アクシズに潜伏することとなった。
そこで、ジオン再興を目論む一人の人物と出会うこととなる。

連邦軍とジオン軍の戦争が終結し、数年の歳月が流れたU.C.0087の地球圏では、
ジオン残党軍の掃討を目的とした特殊部隊「ティターンズ」と、それに対抗する反地球連邦組織「エゥーゴ」が対立していた。
エゥーゴに所属していたクワトロ・バジーナ（シャア）は、ティターンズの新型MS「ガンダムMk-Ⅱ」奪取のため、グリーン・ノア2に潜入すると、
そこでアムロを彷彿とさせる少年と運命的な出会いを遂げる。

地球に舞台を移して行動していたアムロ、クワトロ、カミーユの3人だったが、今後の戦局を見据えてクワトロやカミーユを宇宙に上げるため、打ち上げ施設のあるヒッコリーへ移動する。
打ち上げ前にティターンズの妨害を受けてしまい、カミーユは宇宙へ上がれなかったものの、アムロの献身的な援護によって、後日宇宙へ上がることに成功した。
宇宙に上がったカミーユは新型機「Zガンダム」を駆使し、ティターンズとの激戦を繰り広げる。
一方、再度地球に降下したクワトロだったが、一緒に行動していたブレックスがティターンズの凶弾によって倒れてしまう。
クワトロはブレックスからエゥーゴの未来を託されることとなった──

ティターンズに連邦議会を掌握されている今の劣勢を覆すべく、ジャミトフが潜伏しているキリマンジャロ基地を攻撃をしたアムロとクワトロ。
この攻撃によって新たな使命を持ったクワトロは、カラバと共に連邦議会があるダカールへと向かうこととなった。
再び戦場の中心が宇宙に移った頃、ザビ家の再興を目論む第3の勢力「アクシズ」が地球圏に現れた。
エゥーゴ、ティターンズ、アクシズの3つ巴の戦いとなった争いは、様々な思惑が交差しながら決着へと向かっていく──
アムロとシャアが共闘することとなった「グリプス戦役」の最終章。

グリプス戦役が終結した後、アーガマ隊の一員となったシャングリラの子供たち。
その中でも「ジュドー・アーシタ」は非凡なニュータイプ能力を発揮し、日々激化していくネオ・ジオンとの戦いで活躍していた。
カミーユの離脱、シャア（クワトロ）が行方不明との話を地球で聞いたアムロは、今後の展望を見据えて宇宙へ上がる決心を固める。
一方、行方不明となっていたシャアだったが、戦線を離脱したのち単身アクシズに潜入していた。
そこでジオン再興を目論むハマーンの陰謀を目の当たりにしたシャアは、決意の下アクシズから脱出する──

ロンド・ベルを編成したアムロは行方不明となっていたシャアの捜索を行っていた。
そんな折、ラー・ザイムは識別不明の信号をキャッチしたため状況を確認するべくアムロが出撃すると、突如として未確認 MS に搭乗したシャアが現れ、アムロでも反応できない速度で背後に回り込む。
シャアはアムロに対して、スウィート・ウォーターを攻撃、この後に連邦政府に対して宣戦を布告すると告げ、宙域を離脱した。
より一層シャア及び新生ネオ・ジオンの捜索に力を入れることとなったロンド・ベルは、補給のためとあるコロニーに寄港する。
そこでアムロは、コロニーに住む人達からの敵意を一身に受けることとなった。

スウィートウォーターを制圧したシャア率いる新生ネオ・ジオンは、次の作戦目標である5thルナへ艦隊を移動させていた。
その動きをキャッチしたロンド・ベル隊も、艦隊を5thルナに向けて移動させる。
ロンド・ベルとネオ・ジオンによる艦隊同士での衝突は時間の問題となった。
一方地球では、地球連邦政府参謀アデナウアーの娘であるクェス・パラヤが、父と一緒に宇宙へ上がる。
そこにはブライト・ノアの息子であるハサウェイ・ノアも帯同していた。

シャアの思惑から、鹵獲したギーセン・ドーガのサイコ・フレームをνガンダムに取り付けたアムロは、
クェスとハサウェイを連れてロンデ二オンに立ち寄っていた。
そこで、地球連邦政府と極秘会談を終えたシャアと遭遇。シャアの誘いを受けクェスはアムロとハサウェイの元から離れてしまった。
シャアと一緒に行動を始めたクェスは、ファンネル試験で高い適正をみせ、新型MSヤクト・ドーガのパイロットとなる。
極秘会談で武装解除を受け入れたネオ・ジオンは、ダミーを混ぜて偽装した艦隊をルナツーに向け、
別動隊としてシャアはアクシズへと向かう──

アムロによってシャアの作戦を察知したロンド・ベル隊は、これを迎え撃つネオ・ジオンとアクシズ宙域で激突。
アクシズを破壊すべく核ミサイル攻撃を敢行するも、シャアによるファンネルで核ミサイル攻撃は阻止され、アクシズはついに地球へ向けて降下を開始した。
ロンド・ベル隊はMS部隊と更なる核ミサイル群による総攻撃へと移り、ネオ・ジオンもクェスとギュネイがこの戦線に加わり、両軍ともに総力戦へと突入する。
一年戦争から続くアムロとシャアの因縁も、ここアクシズでついに決着の時を迎える──